Создана первая полностью компьютерная модель целого организма
Несмотря на крошечные размеры живой клетки, ее внутренние процессы чрезвычайно сложны, а их алгоритмическое описание более чем запутанно.
Исследователи из Стэнфордского университета и Института Крейга Вентера, собрав данные девяти сотен научных трудов, смогли учесть каждое молекулярное взаимодействие, которое имеет место быть в Mycoplasma genitalium, самой маленькой в мире свободноживущей бактерии. После подготовки нужных алгоритмов, описывающих свыше 1900 ранее экспериментально определенных параметров, они были скомбинированы с участками кода, полностью имитирующими поведение и весь жизненный цикл бактерии на молекулярном уровне.
Может показаться, что бактериальная модель собрана лишь как доказательство превосходства технологий, однако ее действительно долгое время ждало биологическое сообщество. Мало того что модель, обслуживаемая кластером из 128 компьютеров, позволяет выяснять, как функционирует клетка при сочетании различных условий, она открывает пути для воплощения мечты человечества — автоматизированного проектирования в биоинженерии и медицине, ведущего к новым способам диагностики и лечения заболеваний.
Впрочем, всё только начинается. Закодировать Mycoplasma genitalium оказалось сложной задачей, и это притом что ее геном состоит всего лишь из 525 генов, тогда как у Escherichia coli, живущей в каждой лаборатории, таковых насчитывается 4288.
© СОТОВИК